Специализированное государственное учреждение является самостоятельным структурным подразделением и находится в прямом подчинении Федеральной таможенной службы. Регионом деятельности ГНИВЦ является территория РФ.
Орган федеральной исполнительной власти РФ, осуществляющий непосредственное руководство таможенным делом в РФ до 9 марта 2004 года. ГТК РФ был преобразован в Федеральную таможенную службу России (ФТС России) Указом Президента РФ от 9 марта 2004 года №314.